Verbund:

´´Next generation Transcriptomics´´ bei bakteriellen Infektionen

Verbundkoordinator:
  • Prof. Dr. Jörg Vogel, Institut für molekulare Infektionsbiologie, Universität Würzburg

Projektpartner:
  • Dr. Cynthia Sharma, Zentrum für Infektionsforschung, Universität Würzburg

Beschreibung:
Im Projekt ´´Next generation transcriptomics for bacterial infections´´ soll ein neues Sequenzierverfahren (´´RNA-seq´´) für die Untersuchung der Genexpression im Infektionsverlauf bis zur Einzelzelle und infizierten Gewebe etabliert werden. Diese Technologie ist bereits erfolgreich zur Erfassung von Transkriptomen wichtiger Erreger angewandt worden, soll hier auch Wirtzellen inklusive Maus- und Humanzellen etabliert werden, und könnte einen attraktiven Ansatz für die gleichzeitige Erfassung von Erreger- und Wirtstranskriptom darstellen. Bei Letzterem würde der bisher notwendige Trennungsschritt bei der RNA-Isolierung wegfallen. Über Infektionen mit dem Modellerreger Salmonella typhimurium steht die möglichst vollständige Erfassung der Transkiptome von Erreger und Wirt mittels RNA-seq und ohne vorherige physikalische Trennung der interagierenden Organismen als wichtigstes wissenschaftliches Ziel im Vordergrund des Projektes. Dazu soll der notwendige dynamische Bereich bei der Probennahme und Sequenziertiefe bestimmt und neue Ansätze für die cDNA-Synthese von infizierten Einzelzellen und Wirtsgewebe entwickelt werden. Am Abschluss des Projektes soll ein robustes Transkriptom-Protokoll etabliert und validiert sein, das sich mit nur wenigen Veränderungen auf andere wichtige Erreger übertragen lässt.


 
Neue Hochdurchsatzsequenzierung von RNA soll die separate Mikroarrayanalyse von Pathogen und Wirt ersetzen.

Zusammenfassung der Ergebnisse des Projekts
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